Wird dann das Let's Encrypt im Browser angezeigt oder noch immer dieses von Cloudflare (sni.cloudflaressl.com)?
Letzteres. Oder du mietest halt ein dediziertes Zertifikat.
eht das eventuell im laufendem Betrieb von Cloudflare mit dem Certbot?
Ja. Allerdings brauchst du du auch das Cloudflare-Modul für Lets Encrypt.
Und funktioniert nachher dann eventuell auch das Stapling und verify?
Wie gehabt.